凝膠過濾是依據分子量的不同來進行分離的，由于它的這一分離特性，以及它具有簡單、方便、不改變樣品生物學活性等優點，使得凝膠過濾成為純化生物大分子的一種重要手段，尤其是對于一些大小不同，但理化性質相似的分子，用其他方法較難分開，而凝膠過濾無疑是一種合適的方法，例如對于不同聚合程度的多聚體的分離等。

凝膠過濾測定分子量操作比較簡單，所需樣品量也較少，是一種初步測定蛋白分子量的有效方法。這種方法的缺點是測量結果的準確性受很多因素影響。由于這種方法假定標準物和樣品與凝膠都沒有吸附作用，所以如果標準物或樣品與凝膠有一定的吸附作用，那么測量的誤差就會比較大。計算公式成立的條件是蛋白基本是球形的，對于一些纖維蛋白等細長形狀的蛋白不成立。另外由于糖的水合作用較強，所以用凝膠過濾測定糖蛋白時，測定的分子量偏大，而測定鐵蛋白時則發現測定值偏小。

利用凝膠過濾進行脫鹽及去除小分子雜質是一種簡便、有效、快速的方法，它比一般用透析的方法脫鹽要快得多，而且一般不會造成樣品較大的稀釋，生物分子不易變性。一般常用的是月旭科技Tandex G-25，并且目前已有多種脫鹽柱成品出售，使用方便，可多次使用。

熱源物質是指微生物產生的某些多糖蛋白復合物使人體發熱的物質，它們是一類分子量很大的物質，所以可以利用凝膠過濾的排阻效應將這些大分子熱源物質與其他相對分子量較小的物質分開。例如對于去除水、氨基酸、一些注射液中的熱源物質，凝膠過濾是一種簡單而有效的方法。

利用凝膠顆粒的吸水性可以對大分子樣品溶液進行濃縮。例如將干燥的Tandex（粗顆粒）加入溶液中，Tandex可以吸收大量的水，溶液中的小分子物質也會滲透進入凝膠孔穴內部，而大分子則被排阻在外。通過離心或過濾去除凝膠顆粒，即可得到濃縮的樣品溶液。這種濃縮方法基本不改變溶液的離子強度和pH值。